A partir de 2013, não há uma classificação clara de alimentos geneticamente modificados, e diferentes classificações podem ser feitas de acordo com diferentes padrões de acordo com a prática.
De acordo com se o alimento geneticamente modificado contém fonte geneticamente modificada como padrão, ele pode ser dividido entre os seguintes três tipos diferentes:
(1) Alimentos geneticamente modificados que não contenham alimentos geneticamente modificados referem-se a alimentos derivados de organismos geneticamente modificados, mas os próprios produtos não contêm genes transferidos.
(2) Alimentos geneticamente modificados contêm ingredientes geneticamente modificados, mas suas características foram alteradas durante o processamento, e os genes ativos transferidos não existem mais em alimentos geneticamente modificados.
(3) Alimentos geneticamente modificados contêm componentes genéticos ativos. Depois que as pessoas comem tais organismos geneticamente modificados ou alimentos, os genes transferidos e os genes inerentes dos organismos afetarão o corpo humano.