Há dois aspectos principais, um é proteômica estrutural, e o outro é proteômica funcional. Suas fronteiras de pesquisa são divididas em três áreas:
(1) Estabelecer o proteome ou subproteome e seu grupo de ligação proteome para organismos ou células teciduais relacionados ao genoma ou banco de dados de transcriptome, ou seja, proteômica constitutiva.
(2) Realizar proteômica local ou proteômica comparativa de importantes sistemas fisiológicos e patológicos ou processos para importantes processos de vida ou doenças humanas importantes.
(3) Estudar a interação entre proteínas através de uma variedade de tecnologias avançadas e mapear as proteínas de um determinado sistema, ou seja, proteômica interativa, também conhecida como proteômica "atlas celular".
Além disso, com o aprofundamento da pesquisa de proteômica, surgiram novas direções de pesquisa, como proteômica subcelular e proteômica quantitativa. Proteômica é um importante método de pesquisa de biologia de sistemas.