O microscópio de fluorescência e o microscópio comum têm as seguintes diferenças
1. O método de iluminação geralmente é a epi-iluminação, ou seja, a fonte de luz é projetada na amostra através da lente objetiva;
2. A fonte de luz é ultravioleta, o comprimento de onda é mais curto e a resolução é mais alta do que a dos microscópios comuns;
3. Existem dois filtros especiais. O que está em frente da fonte de luz é usado para filtrar a luz visível, e o que fica entre a ocular e a lente objetiva é usado para filtrar os raios ultravioleta para proteger os olhos humanos.